Werner Pfaff a étudié la direction (son principal professeur a été Hans Michael Beuerle), le piano et le chant ainsi que la théorie de la musique, l’allemand et la philosophie. La coopération avec Solti, Sinopoli, Chailly, Bertini, Inbal, Harnoncourt, Gielen, Marriner, Rostropovitch, Penderecki et Ericson lui a permis de faire d’autres expériences artistiques importantes.
Depuis 1980, Werner Pfaff dirige l’ensemble "Studio Vocale Karlsruhe" avec lequel il a obtenu plusieurs premiers prix internationaux. "Studio Vocale Karlsruhe" et son chef ont été invités à de nombreux festivals, et ils ont fait de nombreux enregistrements pour la radio et la télévision.
Pendant plusieurs années, Werner Pfaff a exercé comme professeur de direction : de 1989 à 1996 au Conservatoire de Francfort / Main, et de 1992 à 1995 au Conservatoire "Franz Liszt" à Weimar.
Pfaff a dirigé différents orchestres en Allemagne, en France et en République Tchèque, parmi lesquels des ensembles baroques jouant sur des instruments d'époque.
En tant que chef de chœur invité, Pfaff travaille en Allemagne ainsi qu’à l’étranger avec différents chœurs de radio, avec des ensembles professionnels (ou semi-professionnels) tels que "Seoul Motet Choir" (Corée), "Exaudi" (Havanna, Cuba), "Basler Madrigalisten" (Suisse), "GCC Grupo de Canto Coral de Buenos Aires" (Argentine), "Jauna Muzika" (Vilnius, Lituanie), "Cantigas" (Barcelone, Espagne). De plus, il dirige plusieurs choeurs de conservatoire à Caracas (Venezuela), Danzig (Pologne), Bâle (Suisse), Vilnius (Lituanie), et il est à la tête d’ateliers de chorale internationaux à Cuba, en Argentine, au Venezuela, et il participe à des festivals tels que "Zimriya" en Israël, "Europa Cantat 12" au Danemark, et d’autres encore en Allemagne et en Pologne.
Pfaff organise des séminaires de direction et donne des master-class partout dans le monde. De plus, il participe au jury de nombreux concours de chorale internationaux, entre autres à Tours (France), Tolosa (Espagne), Riva del Garda (Italie), Trelew (Argentine), Netanya (Israël), Międzyzdroje (Pologne) et Zwickau.
Depuis la création de l’académie germano-polonaise de chant choral "in terra pax" en 1991, Werner Pfaff, co-fondateur de l’académie, y a été chef de choeur chaque année.