Jean-Baptiste Bertrand a effectué ses études d'écriture, de direction et de piano jazz à Lyon et Grenoble. Il a été l'élève de Daniel Kawka, Philippe Caillard, François Lusignant et Alfio Origlio. Il a approfondi sa recherche dans le domaine du chant choral au cours d'un voyage d'étude au Conservatoire Supérieur de Stockholm et au sein du chœur de la radio nationale suédoise auprès du maître Eric Ericson. Il a effectué plusieurs voyages en Pologne pour rencontrer le Maître Jan Szyrocki et se former auprès de lui.
Jean-Baptiste Bertrand travaille comme Professeur d’enseignement artistique de chant choral (Ministère de la culture) et Professeur certifié d’éducation musicale (Ministère de l’éducation Nationale). Il est directeur musical du "Groupe Vocal Universitaire" depuis 1996 ; de plus, il a créé en 2003 le choeur de chambre "Ikonos". Après avoir enseigné à l'ENM (CNR en préfiguration) de St-Etienne et après y avoir mis en place un cursus de chant choral ainsi qu'un plan de formation des chefs de choeurs, Jean Baptiste Bertrand a choisi en 2003 d'être chef de choeur à la Maîtrise de la Loire.
Chef de chœur invité au festival international de Poznanie (Pologne) "Universitas Cantat" en 2002, il se consacre au répertoire vocal a capella et plus précisément à la musique contemporaine des pays de l'Est. Jean-Baptiste Bertrand attache beaucoup d'importance à la collaboration avec des créateurs contemporains tels que Jean-Pierre Sciau, Romain Didier, Matthieu Burgard, Marek Jasinsky ou encore A. Koszewski. Il a dirigé ou préparé plusieurs ouvrages pour chœur et / ou orchestre tels que le "Stabat Mater" de Haydn (Orchestre de Chambre Lyonnais), le Psaume 42 de F. Mendelssohn, l'Opéra "Astrée" de Collasse, "La Création" de J. Haydn, les "Carmina Burana" (C. Orff), "Pinocchio" (R. Didier) ou encore le "Requiem" de Fauré, les "Membra Jesus Nostri" de D. Buxtehude (collaboration avec Gilles Cantagrel). Certains de ces concerts ont été enregistrés.
En 2003, pendant la tournée en France, Jean-Baptiste Bertrand a été chef de choeur invité de l'académie germano-polonaise de chant choral "in terra pax" ; en 2004 il travaillera pour la première fois avec l’académie à Międzyzdroje en Pologne.